La structure des assemblages moléculaires prédite par NovaAtom-Lite

À partir de séquences, NovaAtom-Lite prédit des assemblages biomoléculaires. Ses gains annoncés portent surtout sur leurs interfaces.

Des protéines, de l’ADN, de l’ARN et de petites molécules peuvent être modélisés ensemble par NovaAtom-Lite, le nouveau prédicteur de structure de Geodesic Intelligence. À partir des séquences et de la description des molécules associées, il estime les coordonnées de leurs atomes lourds, c’est-à-dire les atomes autres que l’hydrogène. Le résultat porte sur l’assemblage et les interfaces entre ses composants.

L’accès annoncé passe par la Geodesic API ou par NovaDDE, l’environnement de travail du fournisseur pour la recherche de médicaments. Les structures produites sont accompagnées d’indicateurs de confiance pour aider les équipes à examiner les régions et les interactions prédites avant de préparer leurs expériences. Ce que mesure le score de 79,07 %

Dans sa présentation des résultats, le laboratoire met en avant 79,07 % de réussite sur les 172 interfaces anticorps-antigène de FoldBench. Pour chaque cible, il génère vingt-cinq prédictions, issues de cinq initialisations aléatoires produisant chacune cinq échantillons. Seule la prédiction classée première par le score interne du modèle est évaluée.

Une réussite correspond ici à un score DockQ d’au moins 0,23. Le barème officiel de DockQ situe ce seuil au niveau de qualité « acceptable » : il ne signifie pas que toutes les positions atomiques sont parfaitement reproduites. Au seuil plus exigeant de 0,80, classé « haute qualité », le taux annoncé pour NovaAtom-Lite est de 41,28 %.

La date limite des structures d’entraînement est fixée par le fournisseur au 30 septembre 2021. Les assemblages de FoldBench utilisés dans cette comparaison proviennent de dépôts de structures de 2023 et 2024. Ce décalage temporel fait partie du protocole pour examiner des cas postérieurs aux données d’entraînement déclarées. Une comparaison entre publications, avec des effectifs différents

Le taux de 75,58 % cité pour IsoDDE figure dans le rapport technique d’Isomorphic Labs. Celui de 47,90 % pour AlphaFold 3 provient de l’évaluation FoldBench reprise dans le tableau. Le score de ce dernier porte sur 167 interfaces évaluables, contre 172 pour NovaAtom-Lite. Les trois valeurs ne résultent donc pas d’une nouvelle confrontation entièrement menée par un évaluateur tiers sur un ensemble strictement identique.

L’écart affiché avec IsoDDE est de 3,49 points de pourcentage sur les interfaces anticorps-antigène. Pour les interfaces protéine-ligand, le laboratoire annonce 77,06 %, contre 75,99 % pour IsoDDE, soit 1,07 point. Cette seconde tâche applique d’autres critères, combinant la proximité de la position du ligand et la qualité de ses interactions locales. Le classement varie selon les catégories : le modèle n’est pas en tête de toutes les tâches protéiques ou impliquant des acides nucléiques présentées dans la publication. Produire davantage de structures ne résout pas tout le classement

L’étude examine aussi l’effet du budget de calcul. Avec cinq échantillons par initialisation, le taux moyen de réussite anticorps-antigène passe de 74,3 % avec une initialisation à 83,1 % avec cent. La moyenne à cinq initialisations atteint 78,3 % ; les 79,07 % mis en avant correspondent à une exécution particulière. La courbe est calculée en tirant des sous-ensembles parmi les prédictions, avec des intervalles d’incertitude obtenus par rééchantillonnage.

Le laboratoire distingue cette sélection par score interne d’un choix « oracle », qui retient après coup la structure la plus proche de la référence connue. Cette seconde mesure indique une marge de progression pour le classement : générer une bonne structure ne garantit pas que le modèle saura la reconnaître parmi ses propositions.

Pour examiner les sorties, les chercheurs disposent du pLDDT, qui estime la confiance locale par résidu, et d’indicateurs portant sur les erreurs relatives et la fiabilité des interfaces. Des informations peuvent aussi guider la prédiction : liaisons covalentes, fermeture d’un peptide cyclique ou site de contact envisagé. La publication distingue les liaisons inscrites dans l’entrée des indications de poche et de contact, traitées comme des indices plutôt que comme des contraintes garanties.